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Des mouches pour mesurer… la biodiversité

Publié par wikistrike.com sur 11 Janvier 2013, 14:29pm

Catégories : #Ecologie - conso - biodiversité - énergie

 

 

Des mouches pour mesurer… la biodiversité


Près d'un quart des espèces de mammifères sont aujourd'hui menacées et, dans de nombreux cas, principalement pour les animaux vivant dans les forêts tropicales denses, les données sur la biodiversité sont insuffisantes, voire inexistantes. Or il n'est pas d'action de conservation pertinente sans une mesure précise de la diversité et de la répartition des espèces et, dans ce domaine, la tâche est proprement complexe et herculéenne, sans parler de son coût souvent rédhibitoire... Les écologues se prennent sans doute parfois à rêver d'auxiliaires zélés autant qu'ailés, capables d'explorer sans se fatiguer les espaces naturels et d'y faire, gratuitement ou presque, l'état des lieux du vivant.


Si l'on en croit une étude allemande parue ce mardi 8 janvier dans la revueMolecular Ecology, ces auxiliaires existent pour évaluer la diversité des mammifères : ce sont les mouches vertes ou bleues, grandes amatrices d'excréments animaux et de charognes, dont elles dépendent pour une bonne part de leur cycle de vie. Comme me l'a expliqué Sébastien Calvignac-Spencer, chercheur français en post-doctorat à l'Institut Robert Koch de Berlin (sorte d'équivalent allemand de l'Inserm) et premier auteur de cette étude, "le principe est tout bête : on capture des mouches, on les réduit en poudre, on les met en solution et on en extrait l'ADN. Certes il y aura beaucoup d'ADN de mouches, mais il y aura aussi de l'ADN de mammifères, que ces insectes auront ingéré, soit sur des carcasses, soit dans des fèces." Il faut ensuite comparer les séquences génétiques ainsi obtenues à celles des bases de données pour savoir quelles espèces de mammifères vivent dans les parages.


Utiliser ces sources indirectes d'ADN, c'est joli sur le papier. Mais cela fonctionne-t-il dans la réalité ? C'est à cette interrogation qu'a voulu répondre l'étude. Les chercheurs ont travaillé dans deux forêts tropicales, une en Côte d'Ivoire et l'autre à Madagascar. S'il a été simple d'attraper les mouches (la recette de Sébastien Calvignac-Spencer consiste à mettre un bout de blanc de poulet dans une assiette recouverte d'un tissu et d'attendre que l'odeur attire les diptères), la seconde partie du travail a été plus délicate : "Pour certaines séquences, nous avons été limités dans la qualité de notre identification, tout simplement parce que les bases de données étaient lacunaires, ce qui arrive assez souvent pour les animaux des zones tropicales, explique le chercheur français. En Côte d'Ivoire par exemple, il nous a été impossible d'identifier précisément quelques espèces de rongeurs. Le séquençage d'espèces locales est donc toujours utile, ne serait-ce que pour compléter les bases de données."


L'étude a montré que cette technique de mesure de la biodiversité était fiable et  sensible à des espèces peu représentées. En Côte d'Ivoire, l'équipe a ainsi détecté la présence d'un céphalophe de Jentink, une espèce de petit bovidé en danger d'extinction, dont la population totale est évaluée à 3 500 individus. Pour le moment, le montant de ce que l'on peut économiser grâce à cette méthode n'est pas encore chiffré mais, souligne Sébastien Calvignac-Spencer, "même si on ne peut pas dire si c'est cinq ou dix fois moins cher, nous sommes sûrs que c'est significatif. Les méthodes traditionnelles d'évaluation de la biodiversité ont un coût énorme : il faut des mois voire des années pour former les personnes à identifier les espèces et encore des mois ou des années pour effectuer les relevés sur le terrain. Et pendant tout ce temps, il faut bien entendu payer les salaires. Nous avons lancé une expérience de grande envergure dans plusieurs pays d'Afrique subsaharienne et il nous a fallu... une demi-journée pour former les gens à assembler les pièges à mouches et à préserver correctement les échantillons." Le reste des travaux, c'est-à-dire toute la partie biologie moléculaire, ne nécessite qu'assez peu de manutention et, grâce à la chute constante du coût du séquençage génétique, obtenir des résultats se fait sans débourser des fortunes.


"Des spécialistes de la biodiversité nous ont déjà dit que notre méthode les intéressait beaucoup, ajoute Sébastien Calvignac-Spencer. Cela dit, il ne faut pas renoncer pour autant aux approches conventionnelles. Personnellement, je pense qu'en biologie, ce n'est pas parce qu'il y a un nouvel outil que cela discrédite les outils précédents. On peut d'ailleurs imaginer que, dans certaines circonstances, notre outil soit moins performant, par exemple si l'on veut faire des estimations de la biodiversité dans nos régions en hiver, tout simplement parce qu'on ne trouve pratiquement pas de mouches lorsqu'il fait froid..." Il est toutefois permis d'imaginer que certaines campagnes traditionnelles d'évaluation de la biodiversité pourraient être évitées et que l'argent ainsi économisé serait réinvesti dans les actions de conservation.


Ce n'est pas la première fois que des chercheurs proposent de s'attaquer de manière indirecte à la mesure de la biodiversité. En avril 2012, un article publié dans Current Biology a ainsi montré que les sangsues terrestres, présentes dans certaines forêts tropicales, permettaient aussi de se faire une bonne idée de la diversité des mammifères locaux. La révolution ADN est donc aussi en marche dans le domaine de la biodiversité... Ceci dit, la technique présentée dans l'article de Molecular Ecology pourrait trouver d'autres applications, et notamment le suivi de la mortalité de certaines espèces lors d'épizooties. Sébastien Calvignac-Spencer, qui travaille dans une équipe spécialisée dans l'étude des maladies touchant les grands singes, se rappelle ainsi les ravages qu'a faits le virus Ebola parmi les gorilles d'Afrique centrale en 2002-2003 : "Environ 5 000 gorilles sont morts, soit 95 % de la population locale. Mais, dans la forêt, on n'a retrouvé en tout et pour tout qu'une quarantaine de cadavres. Si, à l'époque, on avait travaillé sur l'ADN présent dans le ventre des mouches, on aurait peut-être pu savoir très tôt que beaucoup de gorilles mouraient."


Pierre Barthélémy (@PasseurSciences sur Twitter)

 

 

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Laurent Franssen 11/01/2013 20:43


Ca a l'air débile mais c'est tres intelligent :-)

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