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Pourquoi le variant Omicron est notre meilleur ami

Publié par wikistrike.com sur 31 Décembre 2021, 11:22am

Catégories : #Santé - psychologie

Pourquoi le variant Omicron est notre meilleur ami
« Faut-il encore vacciner contre le delta ou pour un rhume banal (Omicron) ? »

En premier lieu, il est urgent de rassurer les populations terrorisées par la présence d’Omicron, la peste du 21ᵉ siècle… Voici donc la situation sanitaire actualisée au 16 décembre 2021 en Afrique du Sud. Mais, qui a parlé de son caractère bénin ? Mais, où sont tous ces virologues, infectiologues, réanimateurs, immunologistes, médecins de santé publique… qui auraient dû le dire ?

Ce qui ne se mesure pas ne peut pas se dégrader ou s’améliorer. Dans ma chronique précédente, entièrement consacrée à Omicron, j’avais eu la curiosité, contrairement aux journalistes de France Info, d’aller regarder l’évolution des taux d’incidence et des décès quotidiens en Afrique du Sud, le berceau de ce nouveau variant qui affole (Chronique N°80 : ici). C’était la situation au 1ᵉʳ décembre. Elle ne montrait pas d’accélération des décès, malgré l’amorce d’un pic d’incidence et les indicateurs restaient très sages par rapport à ce qu’avait connu ce pays lors de trois vagues précédentes. Plus de deux semaines après (il paraît que c’est la durée entre les symptômes et l’arrivée en réanimation ou le décès des formes sévères), il est judicieux de faire un nouveau point !

 

On nous parle de nos voisins anglais comme si les contaminations étaient apocalyptiques. Alors regardons aussi ce qui se passe au Royaume-Uni.

Le graphique ci-dessous, tiré du dernier rapport de UK Health Security Agency publié le 17 décembre 2021 (page 8/38 : ici), est éloquent. Effectivement, Omicron se propage à une vitesse supérieure à celle de tous les autres variants préoccupants du SARS-COV-2. Les courbes ont toutes été calées sur le 5ᵉ cas identifié.

 

En revanche, en Angleterre le pic de mortalité de la 5ᵉ vague, jugé sur la moyenne glissante des 7 derniers jours, semble avoir été observé le 4 ou le 8 novembre 2021 avec 170 décès. Des décès quotidiens qui n’ont fait que diminuer depuis, avec 113 décès le 17 décembre.

Nous voyons qu’à l’évidence le variant Omicron se dissémine très rapidement en Afrique du Sud, au sein d’une population assez peu vaccinée (26 % : ici), comme aussi par exemple au Royaume-Uni (presque autant vaccinée que la France, avec 69 % contre 72 % de doublement vaccinés), mais que Dieu merci, il ne tue pas ou très peu ! Il faut qu’en haut-lieu, on s’informe correctement et on arrête de dire n’importe quoi pour affoler la population.

Faut-il considérer qu’Omicron n’est plus qu’un rhume banal, très contagieux, mais parfaitement inoffensif ? L’avenir nous le dira… Mais, la simple observation et le bon sens rassurent. L’exécutif ne devrait pas paniquer à ce point et prendre toujours et encore des mesures restrictives de nos libertés.  

L’accent est mis depuis déjà des semaines sur la troisième dose, dite de rappel, désormais chez tous les adultes, voire la quatrième. Sont-elles véritablement utiles et bénéfiques ?

Du côté de la firme Pfizer et de son partenaire BioNTech, au sujet de l’efficacité de la 3ᵉ dose, nous n’avons eu connaissance que d’une seule étude clinique randomisée versus placebo dont il serait le promoteur, et dont les résultats n’auraient toujours pas été publiés dans une revue médicale avec relecture par les pairs, mais uniquement dans deux communiqués de presse (ici) et (). Il est donc patent que la firme de New York, se soucie davantage de ses actionnaires que de la communauté médicale, ainsi que des millions, pour ne pas dire milliards de terriens qui pourront être éligibles à ce rappel vaccinal. Il est essentiel de bien connaître les résultats de cette étude menée chez plus de 10 000 participants âgés de 16 ans et plus, qui ont reçu un rappel du vaccin ou le placebo, après tirage au sort, avec une durée médiane de onze mois suivant l’injection de la 2ᵉ dose.

J’ai bien dit, et vous pourrez le vérifier en suivant les liens laissés plus haut, 11 mois, pas 5, ni 4, ni 3, mais bien 11 mois. La firme se targue d’une efficacité contre les symptômes de la Covid-19, confirmés par une RT-PCR positive de 95,6 %. En sachant, que comme pour toutes les études précédentes menées sur son vaccin (l’étude initiale, son suivi à 6 mois, l’étude chez les 12-16 ans, l’étude chez les 5-11 ans, dont nous reparlerons très vite dans une prochaine chronique), et comme l’a souligné le Dr Michel de Lorgeril, le 9 décembre 2021 lors d’une émission de Débriefing diffusée sur FranceSoir que je vous recommande de visionner (ici), ces études n’ont pas été conduites en double-aveugle, comme elles auraient dû l’être, mais en simple « Observer-blinded ». Et nous allons le voir, ce n’est pas du tout la même chose. Les résultats publiés dans les communiqués de presse Pfizer correspondent à un suivi médian de seulement 2,5 mois. Ce qui est quand même très court… L’âge médian des participants était de 53 ans (bien jeune) avec seulement 23 % de volontaires âgés de 65 ans et plus…

Et, ça change tout. Cela peut vous paraître un détail, mais comme l’explique très clairement le Dr de Lorgeril dans son interview, les observateurs, participants, médecins, infirmières, ou toutes personnes, pouvaient très bien discerner dans le contenu des seringues le vaccin Pfizer (liquide visqueux et plus foncé) du placebo (limpide et clair). Attendu que les participants avaient comme consigne au moindre symptôme de se faire tester, il est bien évident que s’ils étaient convaincus d’avoir reçu le vaccin et non pas le placebo, ils auraient tendance à ne pas se faire tester. Pensant, à tort ou à raison, être protégé par le vaccin du SARS-COV-2 et avoir été contaminé par un autre agent infectieux plus bénin… À l'inverse, un participant qui serait convaincu d’avoir reçu le placebo, se précipiterait pour faire un test.

Nous sommes donc face à un important biais de sélection susceptible d’inverser le résultat de l’essai. Il faut bien avoir à l’esprit que dans l’essai initial, qui avait été mené chez près de 44 000 volontaires sains et jeunes, seulement 170 participants, 8 dans le groupe vacciné et 162 dans le groupe placebo avaient été testés positifs au Covid-19. Mais, ce n’est pas tout, et je le rapportais dans ma chronique N°46 (ici), Peter Doshi, rédacteur en chef adjoint du British Medical Journal, avait publié le 4 janvier 2021 dans la revue prestigieuse (ici), un article dans lequel il expliquait avoir pu accéder au rapport des experts de la FDA, l’agence du médicament outre atlantique. Lequel stipulait qu’à côté des 170 cas d’infections confirmées RT-PCR au Covid-19, il y avait aussi 3 410 cas suspects (qui présentaient les mêmes symptômes de la Covid, mais non confirmés PCR), soit 20 fois plus.  Or, ces cas suspects non confirmés par les tests se répartissaient en 1 514 dans le groupe vacciné et 1 816 dans le groupe placebo. Une information qui ne figurait ni dans la publication du NEJM, ni dans les communiqués de presse Pfizer…

En faisant l’hypothèse de seulement 10 % de faux négatifs aux tests RT-PCR, l’efficacité vaccinale du vaccin Pfizer tombait de 95 % à 51 %. En outre, Peter Doshi a trouvé dans le rapport de la FDA l’existence d’une exclusion de 371 volontaires de l’étude qui pose problème, tant elle est asymétrique (311 dans le groupe vacciné contre uniquement 60 dans le groupe ayant reçu le placebo). Les auteurs de l’étude du NEJM, tous salariés de Pfizer, actionnaires et détenteurs de « stock-options », ont-ils sciemment exclu des vaccinés testés positifs au SARS-COV-2 ? Vu le nombre de participants exclus, largement supérieur à l’écart des nouvelles contaminations entre les deux groupes, vu les imprécisions, les données manquantes, l’absence de double aveugle, il est tout à fait légitime de se poser cette question.

Un autre point soulevé par Peter Doshi concerne les traitements antalgiques (pour soulager la douleur) et antipyrétiques (pour combattre la fièvre), 3 à 4 fois plus fréquents dans le groupe vacciné que dans le groupe placebo, et qui ont pu masquer les symptômes, réduire le nombre de tests et donc le nombre de participants confirmés RT-PCR positifs chez les vaccinés, et participer aussi à la levée de l’aveugle.

Tous ces éléments jettent un trouble sérieux sur la fiabilité des résultats de l’étude initiale menée par Pfizer sur l’efficacité de son vaccin. Une méthodologie qui sera hélas appliquée par le promoteur à toutes ses études subséquentes. Peter Doshi a apporté le 5 février 2021 quelques clarifications sur un blog du BMJ (ici) suite aux réactions des lecteurs de la revue.

Et n’oublions pas non plus le « Pfizergate », également révélé par un article du BMJ (ici), daté du 2 novembre 2021, mettant à nu les pratiques répréhensibles d’un sous-traitant de Pfizer, Ventavia Research Group, compromettant à la fois fortement l’intégrité des données de l’étude, mais aussi mettant à vif la surveillance négligée du régulateur (FDA). Des carences qui ont été minimisées par France Info (ici), la radio qui voulait laver plus blanc que blanc l’info covid (Voir ma chronique N°72 : ici). Sauf que 2,3 % de 44 000 participants, cela équivaut à plus de 1 000 volontaires aux données suspectes… Alors quand la diminution des symptômes de la Covid se compte sur seulement quelques dizaines de participants, il est vraiment licite de douter de la véracité du résultat présenté !

Ce qu’il faut retenir des résultats publiés dans le communiqué de presse Pfizer, de l’unique étude clinique randomisée portant sur l’efficacité de la 3ᵉ dose, à ce jour, tient en trois lignes :

- La réduction du risque relatif de contaminations par le SARS-COV-2 revendiqué par la firme américaine à plus de 95 %, ne peut-être que surestimée, compte-tenu de tous les biais mentionnés plus haut,

- Aucune réduction des hospitalisations ou des formes sévères n’a été rapportée,

- Et bien évidemment, aucune réduction de la mortalité.

Dans ma chronique N°79, « Les dévoiements de la HAS à propos de la troisième dose » (ici), j’avais passé au crible deux études israéliennes, l’une réalisée sur cohortes observationnelles rétrospectives, l’autre de cas-témoins en « vie réelle ». L’absence de description précise des algorithmes d’appariement, les données manquantes ou incohérentes, l’existence d’un contrat d’un genre si spécial entre Pfizer et l’État hébreu, m’ont amené à qualifier ces deux études très suspectes de fraude scientifique.

Je n’en étais pas à mon premier galop d’essai, puisque j’avais dû faire les mêmes accusations à l’adresse des auteurs des études françaises EPI-PHARE, associant l’ANSM et la CNAMTS, lorsque j’ai découvert un « pot aux roses », à savoir qu’ils avaient inclus près de 430 000 personnes en plus de l’estimation de l’INSEE dans la tranche d’âge des 85 ans et plus. Une paille !  Là aussi, d’autres grosses incohérences dans les inclusions par rapport à la pyramide des âges de l’INSEE, l’absence d’une description précise de l’algorithme d’appariement… Voir ma chronique N°74 (ici).

Nous avons l’immense privilège aujourd’hui de disposer d’une nouvelle et troisième étude clinique réalisée en Israël sur l’efficacité de la 3ᵉ dose, publiée le 8 décembre 2021 dans le NEJM (ici). Un titre très aguicheur « BNT162b2 Vaccine Booster and Mortality Due to Covid-19 » (Rappel vaccinal et mortalité liée au Covid-19), avec un résultat quasiment miraculeux, bien entendu… En l’occurrence, les auteurs concluent sur une réduction de 90 % des décès liés au Covid chez ceux qui ont reçu le rappel au moins 5 mois après la deuxième dose par rapport à ceux qui ne l’ont pas reçu.

Il fallait juste regarder d’un peu plus près les données pour identifier un énorme biais qui décrédibilise totalement ces résultats.

Commençons par décrire la méthodologie de cette étude. Ses auteurs ont bénéficié d’un libre accès, comme l’ont été ceux de l’étude cas-témoins du Lancet, aux données individuelles de tous les assurés de « Clalit Health Services », l’organisme privé d’assurance maladie qui assure plus de la moitié des Israéliens (52 %).  Ils ont d’abord défini la période d’observation de 54 jours depuis le 6 août 2021 jusqu’au 29 septembre 2021 compris, pendant laquelle tous les assurés de 50 ans et plus, doublement vaccinés depuis au moins 5 mois, ont reçu l’injection de rappel.

Le diagramme suivant renseigne sur les exclusions de participants avant le début de l’étude.

 

Les exclusions avant le début de l’étude ont concerné :

- 550 participants, à cause de données manquantes (pour 24 d’entre eux, la date de naissance, et pour 526, le sexe),

- 85 500 participants infectés par le Covid avant le début de l’étude,

- 120 510 participants qui avaient reçu aucune, une seule, ou 3 doses du vaccin,

- 174 111 pour qui la deuxième dose datait de moins de 5 mois,

- 1 020 participants contaminés Covid dans les 4 jours qui ont suivi le rappel.

Au total, 843 208 participants remplissaient les critères d’inclusion. Chaque participant restait inclus dans le groupe non-vacciné avec la 3ᵉ dose jusqu’au 7ᵉ jour après avoir reçu le rappel vaccinal (délai supposé pour l’atteinte d’un titre d’anticorps efficace) et était basculé dans le groupe « vacciné » le jour suivant.

Voici comment les résultats sont présentés dans le résumé de la publication : « Au total, 843 208 participants répondaient aux critères d'éligibilité, dont 758 118 (90 %) ont reçu le rappel pendant la période d'étude de 54 jours. Les décès dus à la Covid-19 sont survenus chez 65 participants du groupe ayant reçu le rappel (0,16 pour 100 000 personnes par jour) et chez 137 participants du groupe n'ayant pas reçu le rappel (2,98 pour 100 000 personnes par jour) ».

Mais, les courbes dites de « Kaplan-Meier » et les chiffres en dessous, posent de sérieux problèmes :

 

En effet, nous ne retrouvons ni les 843 208 participants éligibles au début de l’étude, ni les 758 118 vaccinés en 3ᵉ dose à la fin de la période d’étude. Et puis surtout, l’événement d’intérêt ici, c’est le décès, et non pas je ne sais quel « rapport de hasards ». En page 8 de la publication du NEJM, au chapitre des analyses statistiques, les auteurs expliquent qu’ils ont employé le « modèle à hasards proportionnels de Cox ». Et effectivement, en exprimant les décès pour 100 000 participants et par jour, nous retrouvons en fin d’étude à peu de choses près les chiffres indiqués. Nombre de décès chez les non-vaccinés, divisés par le nombre de non-vaccinés, multiplié par 100 000 (participants) et divisés par 54 (jours) = (137/83 989) x 100 000/54 = 3,02 décès pour 100 000 personnes par jour (proche des 2,98) et pour les vaccinés = (65/757 614) x 100 000 / 54 = 0,159 (équivalent aux 0,16).

Mais peut-on exprimer les résultats ainsi ? Est-ce que cela a du sens ? La réponse se trouve dans un article de haut niveau scientifique, destiné à la Formation Médicale Continue (FMC) des médecins, publié dans l’excellente et indépendante revue belge « MINERVA », intitulé « Rapport de hasards (hazard ratio, HR) et risque relatif » (ici). Or, il est clairement énoncé que « le rapport de hasards n’est fiable que si les courbes de survie divergent de manière régulière au fil du temps ». Nous voyons bien sur le graphique en dessous (étude colchicine versus placebo) que les deux courbes en forme de droites s’écartent proportionnellement avec le temps, contrairement au graphique au-dessus (3ᵉ dose versus pas de 3ᵉ dose) sur lequel la divergence des deux courbes est irrégulière au fil du temps. Les auteurs israéliens de cette étude ont digressé les conditions de validité de cette méthode statistique, ce qui invalide leurs résultats et conclusions. La revue New England Journal of Medicine, connue pour sa proximité avec les firmes pharmaceutiques, a fermé les yeux.

 

Mais il y a encore beaucoup plus grave et plus choquant. Lorsque l’on totalise les quatre lignes de chiffres placées sous la courbe de Kaplan-Meier, c’est-à-dire les « nombres à risque » (nombre de participants encore susceptibles de subir l’événement d’intérêt) et les décès, chez les non-vaccinés et chez les vaccinés, il est possible par différence avec les chiffres portés au début de l’étude (J0, ou J1, non défini d’ailleurs), de calculer les perdus de vue

 

Vous avez bien lu. Il y a près de 45 000 perdus de vue dans cette étude, pour seulement 202 décès enregistrés pendant les 54 jours. Ces perdus de vue apparaissent dès J6 (voire dès J0, avec ce chiffre de 46 259).

Normalement, dans les études de survie sérieuses, s’il y a des patients censurés, il faut les dénombrer et en donner le motif. Il n’y rien dans la publication, pas plus dans son annexe. Nous ne pouvons hélas que suspecter une fraude… Le NEJM a été d’une rare négligence.

En novembre 2019, lors du 8ᵉ colloque « Sur- et Sous-médicalisation, surdiagnostics et surtraitement », j’avais fait la présentation suivante qui portait sur la validité des résultats obtenus dans les études cliniques d’efficacité des médicaments sur la survie dans le cancer :

« Censurés et perdus de vue, données manquantes, mauvais reporting…, les analyses de survie pourraient bien faciliter l’embellissement des résultats d’essais cliniques en cancérologie : quelques outils à l’intention des lecteurs critiques »

Ma présentation diapositive sonorisée est accessible en suivant le lien : ici. Il est préférable pour ne pas avoir un décalage dans le passage des diapositives par rapport à la bande son de l’ouvrir avec la visionneuse de PowerPoint.

Il était aussi question de courbes de Kaplan-Meier et d’utilisation abusive des rapports de hasards, mais aussi d’autres stratagèmes visant à « embellir les résultats » des études cliniques mesurant l’efficacité des anticancéreux et des immunothérapies du cancer pour allonger la survie des patients en cancérologie et en hématologie.

En creusant un peu plus, il y a aussi un biais de sélection important, lorsque l’on observe l’évolution des taux d’incidence ainsi que le pic de décès en Israël entre le 6 août et le 29 septembre, et que l’on croise cette cinétique avec celle du rappel vaccinal.

Le graphique ci-dessous présente les nouveaux cas et les décès quotidiens liés au Covid-19 en Israël sur toute la durée de 54 jours de l’étude, du 6 août au 29 septembre.

 

Les variations quotidiennes sont chaotiques, notamment le week-end, particulièrement les dimanches, avec la fermeture des laboratoires d’analyses médicales de ville qui affecte les taux d’incidence. Afin de lisser les fortes amplitudes journalières, il est plus pertinent de tracer les moyennes glissantes sur les 7 derniers jours.

 

Il apparait alors clairement que la période d’observation de l’étude a coïncidé avec la 5ᵉ vague en Israël. Le pic de mortalité est observé le 5 septembre 2021 (J30) et pour l’incidence nous avons 2 pics, les 3 et 15 septembre. Or, la vaccination des participants est loin d’avoir été conduite à une vitesse uniforme. Au tiers de la période d’observation, le 24 août (J18) près des 2/3 des participants avaient déjà reçu leur rappel, et trois jours avant la mi-période, 75 % avaient eu leur 3ᵉ dose. Cette cinétique vaccinale a évidemment favorisé le groupe vacciné et pénalisé les non-vaccinés en les exposant plus longuement.

Il aurait pourtant été si simple de faire une randomisation, ce qui aurait permis d’éviter ce risque de biais.

 

 

À la fin de la période d’observation, les vaccinés en dose de rappel sont 9 fois plus nombreux que les non-vaccinés. Une telle comparaison est-elle équitable et fiable ? La randomisation (vaccin Pfizer versus placebo, en double aveugle) aurait permis de faire une comparaison qui aurait eu du sens. En définitive, on ne sait pas très bien ce qui a été comparé.

 

Il est fort regrettable que les autorités sanitaires et au premier chef, les régulateurs (Agences nationales du médicament, ANSM en France, l’agence européenne du médicament, EMA, l’agence américaine, la FDA), mais aussi en France, la Haute Autorité de Santé (HAS) qui est chargée d’évaluer « l’amélioration du service médical rendu » des médicaments et de donner son avis pour leur remboursement (Commission de la transparence), soient aussi conciliantes avec les firmes pharmaceutiques, et au bout du compte ne fassent pas correctement leur travail au détriment des prescripteurs, des patients et des assurés sociaux.

Les revues médicales devraient être beaucoup plus exigeantes qu’elles ne le sont sur la qualité et la complétude des données de survie publiées. Comment le New England Journal of Medicine et the Lancet ont-ils pu laisser publier en l’état ces trois études israéliennes ? Y a-t-il encore une relecture par les pairs ? La science bat de l’aile depuis le début de cette pandémie…

 

 
 
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